Il existe très peu de renseignements sur la toxicité de ces organismes. Il semble que certaines personnes soient allergiques : ainsi, après avoir touché une ophiure, une légère rougeur apparaît. Ophiocomina nigra sécrète un mucus très acide (pH = 1) et très sulfaté. Une action anti-coagulante d'extraits dialysés ou déprotéinisés de téguments de cette espèce a été démontrée sur le sang des souris.