L'organisation interne comprend toujours une couronne formée de 20 pièces calcaires. Cette couronne entoure le pharynx, cinq muscles longitudinaux radiaires, des organes arborescents ou poumons qui servent essentiellement à la respiration mais également à la statique de l'animal et à l'excrétion des déchets.

Sections du corps d'une holothurie

Certaines holothuries possèdent des organes fixés à la base des poumons, ce sont les tubes de Cuvier. Ces tubes sont blanchâtres et sont projetés à l'extérieur par l'anus. Au contact de l'eau, ils s'allongent de 20 à 30 fois formant autour de l'agresseur un réseau collant et résistant. L'animal régénère ensuite de nouveaux tubes.

Les holothuries se répartissent en deux grands groupes : les holothuries pédifères possèdent des podia diversement répartis sur le corps et les holothuries apodes qui sont dépourvues de podia.