Les holothuries sont essentiellement détritivores et leur rôle est très important. Elles participent ainsi activement au remaniement des sédiments. Elles ingèrent de grandes quantités de sédiment, la plupart du temps en se déplaçant lentement.

Certaines espèces sont capables de s'enfouir dans le sédiment et leur action est alors comparable à celle des vers de terre. Les holothuries se nourrissent des détritus, des microalgues et des bactéries contenues dans le sédiment. Quelques holothuries sont suspensivores et filtrent les particules en suspension grâce à leurs tentacules buccaux.