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Les échinodermes possèdent un système hémal qui correspond à un pseudo-système circulatoire aux fonctions encore peu claires. Leur système nerveux est primitif et se caractérise par l'absence de cerveau. Les échanges respiratoires sont assurés pour partie par les podia et pour partie par des organes respiratoires plus spécialisés tels que les organes arborescents des holothuries, les branchies des échinides réguliers, les papules des astéries et les bourses branchiales des ophiures. L'appareil digestif se compose d'un tube droit ou circonvolué qui va de la bouche à l'anus quand celui-ci existe. En effet, les échinodermes n'ont pas d'appareil excréteur différencié.

Un phénomène particulièrement intéressant et important chez les échinodermes concerne la régénération. Ces organismes possèdent une grande capacité à régénérer l'endosquelette, les piquants, les épines, les pédicellaires et les téguments qui ont été affectés suite à une mutilation réflexe (autotomie) ou à une attaque par un prédateur.